Hayko Siemens (* 1954 in Schleswig-Holstein) ist ein deutscher Kirchenmusiker.
Siemens studierte bei Hans Gebhard, Walter Kraft, Michael Schneider und Marie-Claire Alain. Er gab als Sechzehnjähriger in Berlin sein Konzertdebut. Sein erstes Tätigkeitsfeld war die Erlöserkirche in Bad Homburg vor der Höhe. Dort initiierte er 1995 das zweijährlich stattfindende Orgelfestival Fugato, dessen künstlerischer Leiter er bis heute ist. Seit 1998 wirkt er an der Kirche St. Matthäus in München. Ebenfalls seit 1998 ist er außerdem Leiter des Münchner Motettenchors.